Offre de post-doctorat en génomique bactérienne

Un post-doctorat de 2 ans (avec possibilité de renouvellement jusqu’à deux ans supplémentaires) est ouvert dans l’Unité des Bactéries pathogènes entériques de l’ Institut Pasteur à Paris dans le but de mieux comprendre la structure des populations des Escherichia coli entéropathogéniques (EPEC)  et mieux documenter l’émergence de la résistance aux antibiotiques grâce à une analyse génomique de souches historiques européennes. 

Nous recherchons pour ce poste un chercheur enthousiaste, talentueux et motivé avec une expertise forte en génomique microbienne. Le candidat sélectionné travaillera sous la supervision du Dr. François-Xavier Weill (https://research.pasteur.fr/fr/member/francois-xavier-weill/).

L’Unité des Bactéries pathogènes entériques est une unité de recherche ayant une forte implication en santé publique via la surveillance nationale  par génomique en temps réel des infections à Salmonella, E. coli producteurs de Shiga-toxines, Shigella et Vibrio. Nous utilisons également les données génomiques pour étudier la structure des populations et l’évolution des pathogènes bactériens entériques émergents et/ou multirésistants aux antibiotiques  (Njamkepo et al. Nat Microbiol 2016, Weill et al. Science 2017, Tran-Dien et al. Lancet Inf Dis 2018, Hawkey et al. Microb Genom 2019, Weill et al. Nature 2019, Mashe et al. NEJM 2020).

Le travail consistera en l’analyse génomique de plusieurs centaines d’isolats bactériens à l’aide de séquences Illumina parfois complétées par des séquences PacBio/MinION mais également dans une moindre mesure en des expériences classiques de paillasse (comme des conjugaisons, analyses omnilog). Le candidat sélectionné sera aussi responsable de la présentation et de la publication de ses travaux. 

Les candidats devront avoir un doctorat en bioinformatique ou en microbiologie avec un fort intérêt en génomique comparative et évolutive. Le candidat idéal aura déjà travaillé avec de larges jeux de données de séquences NGS et aura des publications internationales dans ce domaine en tant que premier auteur. L’écriture de scripts étant un plus.  Le candidat devra en outre posséder une bonne habilité à communiquer en anglais à l’oral ou à l’écrit. 

Date de fin d’annonce : 31 déc 2020

Contact : François-Xavier Weill, fxweill@pasteur.fr

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