Le séquençage des génomes bactériens devient plus abordable et se généralise dans les laboratoires hospitaliers. Nous l’utilisons depuis peu de temps dans notre hôpital, et nous y recourons de plus en plus. Nous nous posons beaucoup de questions concernant la gestion, l’analyse et le partage de nos données :

1. Comment analyser mes données de manière reproductible?
2. Comment organiser les données de génomique de l’hôpital sur plusieurs années?
3. Est-ce que j’ai déjà vu cette souche dans mon hôpital?
4. Comment puis-je détecter une épidémie?
5. Est-ce que cette souche circule en France?
6. Comment partager mes données avec d’autres hôpitaux pour une étude multicentrique?
7. Au final, ai-je besoin d’un bio-informaticien pour répondre à ces questions?