WEBINARS
SECTION BIOTECHNOLOGIES MICROBIENNES
WEBINAIRE de la section Biotechnologies Microbiennes
27 mai 2024
13h30 -15h00
“Jeunes Docteurs”
13h30-13h35 : Introduction
13h35-13h50 : Présentation du réseau biotechno – Radi Khodr (https://www.reseau-biotechno.
13h50-14h10 : La promiscuité de protéines : facteur clef pour la (ré-)assimilation et la valorisation de la molécule plateforme non naturelle 2,4-dihydroxybutyrate chez Escherichia coli – Thibault Malfoy (TBI)
14h10-14h30 : Développement et propriétés de biofilms électroactifs en conditions hydrodynamiques contrôlées” – Florent Bouchon (INRAE-PROSE/UGent)
14h30-14h50 : Virgile Guéneau (Lallemand/Micalis)
14h50-15h00 : Questions générales et conclusion
25 mars 2024
Application de la méthodologie Scale-down pour “dérisquer” le Scale-up des procédés de fermentation : application à la production de cellulases par Trichoderma reesei
Fadhel – Ben Chaabane, PhD, HDR
Chef de projet
IFP Energies nouvelles – Catalyse, Biocatalyse et séparation
La plupart des procédés de conversion biologique de la biomasse ligno-cellulosique (LCB) en bioproduits nécessitent l’utilisation d’enzymes appelées cellulases, en particulier pour la production d’éthanol de deuxième génération. Les évaluations technico-économiques de ce procédé montrent que la réduction du coût des cellulases est une condition préalable pour ramener le coût de l’éthanol cellulosique à des valeurs proches de celles de l’éthanol produit à partir de l’amidon. L’un des organismes les plus efficaces pour la production de ces enzymes est le champignon filamenteux Trichoderma reesei, principalement grâce à sa grande capacité de sécrétion.
Le scale-up du procédé de production d’enzymes utilisant ce micro-organisme est délicat en raison des liens complexes qui existent entre les conditions opératoires du procédé, la morphologie du champignon et ses cinétiques. En effet, la morphologie filamenteuse induit une augmentation de la viscosité du milieu qui réduit fortement le transfert d’oxygène. Pour assurer un transfert suffisant et maintenir une concentration en oxygène dissous suffisante, la puissance dissipée doit être augmentée ; ce qui entraîne une réduction des structures mycéliennes impactant les cinétiques de croissance et de production d’enzymes. Ainsi la morphologie des champignons influe sur les paramètres du procédé, tandis que les conditions opératoires impactent en retour sur la morphologie et, donc sa cinétique.
L’objectif du travail présenté était de développer une approche « scale down » permettant de reproduire au laboratoire les conditions hydrodynamiques des bioréacteurs industriels et d’étudier leur impact sur la croissance de T. reesei et la production de cellulases. Il Des données obtenues à l’échelle de démonstrateur permettent de valider certaines hypothèses notamment celles sur les critères d’extrapolation à prendre en compte et ceux qui ne sont pas pertinents.
29 janvier 2024
Understanding nitrifying microbes, the gatekeepers of the global nitrogen cycle
Michael Wagner
Centre for Microbiology and Environmental systems science, Vienne
Nitrification, the oxidation of ammonia via nitrite to nitrate, is a key process of the global biogeochemical nitrogen cycle. This microbially mediated process plays a major role in fertilizer loss from agricultural soils, greenhouse gas production, and nutrient removal in wastewater treatment plants. In this talk, I will present new insights into the (eco)physiology of the recently discovered complete nitrifiers belonging to the genus Nitrospira (comammox organisms) and discuss future strategies to modify the community composition of ammonia oxidizers in a targeted manner in order to minimize anthropogenic damage to the environment. Furthermore, I will highlight the many unknowns in the biochemistry of the electron transport chain of nitrifiers and present initial data on large-scale biomass production of comammox for their subsequent biochemical characterization.
27 novembre 2023
Import de molécules actives par les bactériocines
Dr Patrice Rassam – MCU
Équipe Bactériocines et Antibiorésistance UMR CNRS 7021 – Laboratoire de Bioimagerie et Pathologies Faculté de Pharmacie – Université de Strasbourg
Certains micro-organismes sont résistants à presque tous les antibiotiques disponibles, provoquant des infections nosocomiales mortelles. L’un des principaux problèmes provient des bactéries à Gram négatif qui ont développé des résistances en surexprimant des gènes codant pour les pompes d’efflux ou en diminuant la perméabilité de la membrane externe (MO) aux antibiotiques. L’objectif de notre recherche est de créer de nouveaux conjugués bactériocine-traitement qui surmontent ces mécanismes de résistance. À la manière d’un cheval de Troie, les bactériocines détournent les systèmes d’importation des nutriments des bactéries pour délivrer spécifiquement l’antibiotique conjugué à travers la MO des bactéries à Gram-négatif.
Nos expériences montrent la spécificité et l’efficacité de notre stratégie, même sur des souches surexprimant des pompes d’efflux. En combinant les propriétés de vectorisation des bactériocines avec des antibiotiques qui sont très efficaces lorsqu’ils atteignent l’intérieur des bactéries, nous avons conçu et validé une nouvelle stratégie pour contourner la perméabilité de la MO et les problèmes liés aux pompes d’efflux.
22 mai 2023
Microbiologie digitale : quand les bactéries s’analysent une à une mais à très haut débit
Michael Ryckelynck
Université de Strasbourg, Architecture et Réactivité de l’ARN – Institut de Biologie Moléculaire et Cellulaire du CNRS
“Ces dernières années, la microfluidique en gouttelettes a permis d’amorcer une véritable révolution en particulier en génomique et en biotechnologies de part un formidable degré de miniaturisation des réactions de biologie moléculaire et des débits d’analyse sans précédent. Au cours de ce webminaire, j’introduirai rapidement cette technologie avec des exemples d’application en biologie moléculaire avant de montrer comment elle peut être appliquée en microbiologie pour l’étude et la caractérisation (analyse et recherche d’activité enzymatique, caractérisation de croissance, dénombrement…) de populations bactériennes avec une résolution à la cellule unique en vue notamment d’applications biotechnologiques.”
Webinaire organisé par la section Biotechnologies microbiennes
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