La table ronde « Microbiote intestinal : de la recherche à la clinique, comment rendre les données opérationnelles ? », organisée par le magazine Biologiste365 en collaboration avec la Société Française de Nutrition Clinique, a réuni plusieurs acteurs académiques et privés du domaine.
Autour de cette thématique étaient présents Geneviève Héry-Arnaud, PU/PH, cheffe du département des agents infectieux du CHU de Brest et coordinatrice du groupe MicMaC (Microbiome et Métagénomique Clinique) de la SFM, Joël Doré, ancien directeur de recherche à l’INRAE et impliqué dans les start-ups Enterome, MaaT Pharma, GMT et Novobiome ; Etienne Fomstecher, CEO de la start-up GMT (Gut Microbiome Testing) et Camille d’Humières, représentant Cerballiance Healthcare, groupe qui comprend Cerballiance, réseau de laboratoires de biologie médicale qui propose des bilans du microbiote intestinal.
Les échanges ont porté sur un enjeu central : transformer des données scientifiques complexes en outils réellement utiles pour la pratique clinique, en s’appuyant sur des preuves solides, des biomarqueurs validés et un cadre méthodologique rigoureux.
Nous vous proposons de visionner le replay de cette table ronde :
https://youtu.be/uMIp_NXCq0k?si=1hSVDkxDo1Ad53Kw
Pour un visionnage ciblé, l’intervention de Geneviève Héry-Arnaud se situe entre les minutes 28 et 42, un passage qui permet de mieux comprendre les défis actuels et les conditions nécessaires à une véritable mise en application des données de microbiote en clinique.
Pour la SFM et son GT MicMaC, le message reste constant, déjà porté dans notre tribune (Le Monde, 2023, https://www.sfm-microbiologie.org/actualites/alerte-sur-les-tests-de-microbiote-fecal/) : oui à la recherche encadrée sur le microbiote, mais non aux raccourcis, potentiellement dangereux pour les patients.
L’étude conduite par MicMaC (Pichon et al., Gut 2025, https://www.sfm-microbiologie.org/wp-content/uploads/2025/11/Pichon-et-al-2025-Gut.pdf) l’a objectivé : à partir d’un même échantillon de selles standardisé, des offres d’analyses du microbiote en libre accès aux particuliers produisent actuellement des résultats et des interprétations très variables. Cette variabilité rend ces analyses non fiables et sans utilité clinique. Lorsque le rendu dépend du laboratoire plutôt que du patient, il ne s’agit pas d’un biomarqueur clinique et cela ne doit pas guider des décisions de santé.
Ce que nous défendons est simple et pragmatique :
• standardiser (pré-analytique, analytique, bioinformatique)
• valider (recherche clinique, cohortes, réplication, démonstration d’un impact clinique)
• encadrer l’interprétation (s’appuyer sur les connaissances médicales et le dialogue clinico-biologique, sans sur-promesses).
La SFM continuera à promouvoir une approche exigeante, transparente et centrée sur le patient, pour faire du microbiote un vrais progrès clinique.
