L’article coup de coeur du ReJMiC – juin 2023

Ce mois-ci, c’est Juliette (Rennes) du ReJMiC qui nous propose son article coup de coeur

Web-based prediction of antimicrobial resistance in enterococcal clinical isolates by whole-genome sequencing

Malo Penven,  Asma Zouari, Sophie Nogues, Anaïs Collet, Maxime Lecourt, Aurélien Birer, François Guerin, Gabriel Auger & Vincent Cattoir

European Journal of Clinical Microbiology & Infectious Diseases volume 42, pages67–76 (2023)Cite this article

Le séquençage du génome bactérien est une approche alternative aux méthodes phénotypiques afin d’étudier la sensibilité aux antibiotiques par la mise en évidence de gènes de résistance. Au sein du Centre national de référence (CNR) des entérocoques, le Dr Malo Penven et ses collaborateurs ont ainsi étudié la concordance entre la prédiction de la résistance par le génome bactérien et les méthodes phénotypiques conventionnelles.

Des tests phénotypiques ont été réalisés par diffusion en disque ou détermination des CMI pour 14 antibiotiques selon les recommandations du CA-SFM sur une collection de 172 isolats cliniques multirésistants. Le génome de toutes les souches a ensuite été séquencé par une méthode de séquençage à haut débit (NGS). Pour les deux espèces, les performances du génotype pour prédire les phénotypes résistants étaient excellentes (concordance > 90 %), en particulier pour les antibiotiques couramment utilisés dans le traitement des infections à entérocoques tels que l’ampicilline, la gentamicine, la vancomycine, la teicoplanine et le linézolide. Toutefois, 100% d’erreurs très majeures ont été trouvées pour la quinupristine-dalfopristine, la tigécycline et la rifampicine pour lesquelles les mutations de résistance ne sont pas incluses dans les bases de données. Cette approche ne permet pas de prédire la résistance à la daptomycine pour les mêmes raisons.

Le séquençage du génome bactérien combiné à des outils bio-informatiques simples offre de belles perspectives aux microbiologistes pour tester la sensibilité aux antibiotiques de première ligne pour les entérocoques !

Bonne lecture à vous.