Covid-19 – Ressources scientifiques

Dashboard JHU
Dashboard WHO
John hopkins
WHO 
Mapping des Cas/décès pays par pays Courbes d’incidence pays par pays
Limites : pas de données sur le nombre de tests réalisés
Santé Publique France SantéPublique France Agence Nationale de Santé Publique –  Veille documentaire assez complète tout en bas à droite de la page (défaut : il faut retélécharger tous les pdf à chaque fois à bien ouvrir celui du jour)
– Lien vers l’observatoire cartographiqueGEODES à suivi indicateurs (hospi, réa, décès,par région, classe d’age, …), intéressant +++
National Institute of Health NIH US department of health & human service Toute la recherche sur le COVID:
–  National Library of Medicine (COVID et Pubmed, clinical trials, explication du COVID-19 Open Research Dataset (CORD-19))
NIH Fogarty International Center : liens vers toutes les ressources biblio (Elsevier, Lancet, BMJ, Wiley, Mappings, NEJM)
+ sélection articles en continu à COMPLET +++
I3M/INSERM Revue Inserm Revue de littérature par I3M Institute – Revue de littérature de qualité des papiers acceptés pertinents selon l’équipe I3M
COVID-NMA https://covid-nma.com/ Cochrane France
Université de Paris
Inserm
APHP
Living mapping of research
Living network meta-analysis
Analyse recherche thérapeutique et méta-analyse en temps-réel
A suivre +++
LitCovid NCBI/COVID Site du NCBI sur littérature scientifique COVID Accès à toutes les dernières publications par pays/date/domaine (mécanism, treatment,  epidemic forectasting)
Pratique et complet +++
REACTing https://reacting.inserm.fr/literature-review/ REACTing : coordinating French research response Partage toutes les semaines une sélection d’articles pertinents publiés sur le COVID-19
Nextstrain https://nextstrain.org/ncov/global Real-time tracking of pathogen evolution Suivi évolution génome viral SARS-CoV-2
Institut Pasteur https://www.pasteur.fr/fr/sars-cov-2-covid-19-institut-pasteur Institut Pasteur, Paris Ressources bibliographiques sur le SARS-CoV-2 et COVID-19 – Site de l’Institut Pasteur, Paris
The Lancet https://www.thelancet.com/journals/laninf/article/PIIS1473-3099(20)30764-7/fulltext Revue scientifique médicale hebdomadaire britannique Genomic evidence for reinfection with SARS-CoV-2: a case study
“These findings suggest that the patient was infected by SARS-CoV-2 on two separate occasions by a genetically distinct virus. Thus, previous exposure to SARS-CoV-2 might not guarantee total immunity in all cases. All individuals, whether previously diagnosed with COVID-19 or not, should take identical precautions to avoid infection with SARS-CoV-2. The implications of reinfections could be relevant for vaccine development and application.”
Science Mag https://science.sciencemag.org/content/370/6512/22.full Revue scientifique américaine par l’Association américaine pour l’avancement des sciences (AAAS) A call for diagnostic tests to report viral load
“Advocates point to new research indicating that CT values could help doctors flag patients at high risk for serious disease. Recent findings also suggest the numbers could help officials determine who is infectious and should therefore be isolated and have their contacts tracked down. CT value is an imperfect measure, advocates concede. But whether to add it to test results “is one of the most pressing questions out there,” says Michael Mina, a physician and epidemiologist at Harvard University’s T.H. Chan School of Public Health.”
Science Mag https://science.sciencemag.org/content/370/6513/203.full Revue scientifique américaine par l’Association américaine pour l’avancement des sciences (AAAS)  In situ structural analysis of SARS-CoV-2 spike reveals flexibility mediated by three hinges
“The spike protein (S) of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) is required for cell entry and is the primary focus for vaccine development. In this study, we combined cryo–electron tomography, subtomogram averaging, and molecular dynamics simulations to structurally analyze S in situ. Compared with the recombinant S, the viral S was more heavily glycosylated and occurred mostly in the closed prefusion conformation. We show that the stalk domain of S contains three hinges, giving the head unexpected orientational freedom. We propose that the hinges allow S to scan the host cell surface, shielded from antibodies by an extensive glycan coat. The structure of native S contributes to our understanding of SARS-CoV-2 infection and potentially to the development of safe vaccines.”