Les mesures barrières, la meilleure prévention possible contre l’hantavirus des Andes

Les mesures barrières, la meilleure prévention possible contre l’hantavirus des Andes

Baptiste Demey¹, François Gravey², Sylvain Brisse³
1 Laboratoire AGIR – Agents Infectieux Résistance et Chimiothérapie, Université Picardie Jules Verne ; Laboratoire de Virologie – CHU Amiens-Picardie, Amiens, France
2 Normandie Université, Unicaen/Unirouen INSERM, DYNAMICURE UMR 1311, CHU de CAEN Normandie, Département des Agents Infectieux, service de bactériologie, F- 14000 Caen, France
3 Institut Pasteur, Unité Biodiversité et Epidémiologie des Bactéries Pathogènes, Paris, France

Pour la section épidémiologie et génomique des populations de la SFM

L’épidémie à hantavirus des Andes est en cours de résolution grâce aux mesures barrières strictes mises en place. Nous résumons ici une étude historique qui a appliqué le séquençage génomique et une analyse des contacts pour explorer la transmission interhumaine de ce virus lors d’une épidémie en Argentine entre novembre 2018 et février 2019. Par la suite, les éléments associés à la pathogénie virale, au diagnostic et à la prévention de ce virus seront discutés.

Introduction

Les hantavirus (récemment renommés Orthohantavirus) sont des virus à ARN enveloppés appartenant à la famille des Hantaviridae (ordre des Bunyavirales) (1). Ils sont les agents de zoonoses mondiales, causant entre 10 000 et 100 000 cas par an (2). La transmission zoonotique initiale est généralement causée par l’inhalation par l’humain de poussières ou d’aérosols contaminés par les sécrétions infectieuses provenant de rongeurs (urine, fèces, salive). Historiquement, il était considéré que chaque hantavirus co-évoluait avec une espèce unique de rongeur. Cependant, des recherches récentes ont identifié de nombreux hantavirus chez des insectivores (musaraignes, taupes) et des chauves-souris (3). Cette diversité suggère que l’histoire évolutive des hantavirus est plus complexe, impliquant des sauts d’espèces et des adaptations locales. On distingue traditionnellement deux types de syndromes cliniques selon la zone géographique (4) :

• Les hantavirus de « l’Ancien Monde» (Europe et Asie) : responsables de Fièvres Hémorragiques avec Syndrome Rénal (FHSR), incluant la néphropathie épidémique due au virus Puumala. La létalité y est généralement inférieure à 10 %.
• Les hantavirus du « Nouveau Monde» (Amériques) : responsables du Syndrome Cardio-Pulmonaire à Hantavirus (SCPH), avec une létalité beaucoup plus élevée, pouvant atteindre 60 %.

Le génome des hantavirus est constitué de trois segments d’ARN monocaténaire de polarité négative : le segment S (Small) code pour la nucléoprotéine (N), le segment M (Medium) pour les glycoprotéines d’enveloppe (Gn et Gc), et le segment L (Large) pour l’ARN polymérase ARN-dépendante (3).

Le 2 mai 2026, un foyer épidémique de syndromes respiratoires graves est survenu sur le navire de croisière MV Hondius dans l’Atlantique Sud. Le navire transportait 147 passagers de 23 nationalités. Les analyses biologiques ont confirmé l’implication d’un hantavirus de la (Orthohantavirus andesense, ANDV) et son génome a été séquencé (5).

Orthohantavirus andesense occupe une place singulière. Son réservoir naturel principal est le rat pygmée à longue queue (Oligoryzomys longicaudatus), présent au Chili et en Argentine. Au sein de cette espèce, il existe une grande diversité génétique, avec des lignées comme les virus Pergamino ou Lechiguanas (3,6) (voir figure 2A).

Pour l’infection à ANDV, la période d’incubation est longue, variant de 1 à 6 semaines (moyenne de 2 à 3 semaines)(4,5,8).

La phase prodromique dure 3 à 6 jours. La maladie débute par un syndrome pseudo-grippal brutal : fièvre élevée, céphalées, myalgies (douleurs musculaires), fatigue, et souvent des troubles digestifs (douleurs abdominales, vomissements, diarrhée). En l’absence de résolution, le patient s’aggrave rapidement (en quelques heures) et développe un syndrome cardio-pulmonaire. Dans les formes dues à l’ANDV, des pétéchies (petites taches hémorragiques) peuvent être observées sur le corps.

A cette occasion, nous présentons ici l’article princeps qui a décrit et analysé la transmission interhumaine de cet hantavirus, alors qu’elle n’a jamais été formellement démontrée pour les autres espèces. Cette épidémie a eu lieu à Epuyen, en Argentine, entre novembre 2018 et février 2019 (7).

Enquête en Argentine : l’effet domino du virus des Andes

Comment un simple anniversaire peut-il basculer en crise sanitaire ? C’est le point de départ d’une étude rétrospective qui retrace une chaîne de transmission spectaculaire du virus des Andes lors d’une épidémie en Argentine. En interrogeant les patients et leurs proches, les autorités de santé ont reconstitué le parcours de ce virus, capable de se propager d’un individu à l’autre.

Trois événements clés, trois « super-propagateurs »

L’épidémie s’est propagée comme un jeu de dominos, propulsée par trois personnes clés (les patients 1, 2 et 9), à l’origine de près de deux tiers des infections (21 cas sur 33).

L’étincelle de l’anniversaire : Tout commence avec le « patient index ». Bien que fiévreux et souffrant, cet homme assiste à une fête d’anniversaire pendant à peine une heure et demie. Quelques semaines plus tard, le verdict tombe : ses cinq voisins de table directs développent les mêmes symptômes. Le patient ultra-sociable : Parmi ces convives infectés, l’un d’eux (le patient 2) a une vie sociale très active. Il transmet le virus à six nouvelles personnes, dont son épouse. Le drame de la veillée funèbre : Malheureusement, ce patient décède. Lors de ses obsèques, son épouse commence à son tour à déclarer de la fièvre. Ce rassemblement devient le second grand foyer de contamination : 10 personnes présentes à la veillée tombent malades dans les semaines qui suivent.

Une transmission redoutable, souvent dès les premiers symptômes

L’analyse de cette épidémie a mis en lumière deux caractéristiques cruciales du virus : i) Une contagion immédiate : Dans plus de la moitié des cas, le virus a été transmis dès le premier jour d’apparition de la fièvre chez le malade. Un timing serré qui laisse très peu de temps pour réagir. ii) Une arme invisible : La reconstitution des faits suggère que le virus s’est propagé tout simplement par les voies aériennes, via l’inhalation de gouttelettes ou de particules virales en suspension dans l’air.

L’impact salvateur des mesures barrières

Pour évaluer la vitesse de propagation, les épidémiologistes utilisent un indicateur : le fameux « R » (le taux de reproduction du virus). Avant l’intervention : Le « R » grimpait à 2,12, ce qui signifie qu’une personne infectée contaminait en moyenne plus de deux autres personnes. L’épidémie flambait. Après l’intervention : Dès que des mesures strictes ont été déployées (isolement des malades, quarantaine pour les cas contacts de plus de 30 minutes, interdiction des grands rassemblements et port du masque N95), le « R » est tombé à 0,96. En passant sous la barre symbolique de 1, le virus a cessé de s’étendre, prouvant l’efficacité cruciale d’une réponse sanitaire rapide et rigoureuse.

La transmission était positivement associée à une charge virale plus élevée et à une fonction hépatique altérée chez les patients infectés, tandis que l’âge, la gravité de la maladie et la durée d’hospitalisation ne présentaient pas de lien clair avec la transmission secondaire.

Le séquençage a démontré que 78 % des génomes viraux prélevés chez les patients partageaient un seul haplotype viral (voir ci-dessous) formant un nœud central à partir duquel six autres haplotypes se sont propagés (Figure 2A). Cependant, cinq de ces six haplotypes ne se sont propagés à aucun autre patient et partageaient une identité de séquence de 99,8 à 100 % avec les autres séquences de l’ANDV impliquées dans l’épidémie (Figure 2B). Aucune différence significative n’a été observée en termes de polymorphismes nucléotidiques simples ou de diversité des segments entre les vecteurs de transmission et les non-vecteurs ne permettant pas d’expliquer le succès de certains haplotypes par rapport à d’autres. L’analyse phylogénétique a confirmé que l’épidémie avait été causée par un seul événement de transmission inter-espèces survenu chez le cas index.

Glossaire – Qu’est-ce qu’un « haplotype viral » ?

Les virus (et particulièrement les virus à ARN comme le virus des Andes ou la grippe) font constamment des petites erreurs en se recopiant. Cela crée une multitude de variants qui ont des profils génétiques légèrement différents les uns des autres. Quand les chercheurs découvrent qu’un groupe de patients partage un seul et même haplotype viral, cela signifie deux choses cruciales : i) C’est exactement le même coupable : Les virus retrouvés chez toutes ces personnes ont une séquence génétique rigoureusement identique, comme s’ils s’étaient partagé des photocopies parfaites du virus d’origine. ii) c’est la preuve d’une transmission directe : C’est l’équivalent scientifique d’une preuve d’empreintes digitales. Cela confirme que le virus est passé directement d’une personne à l’autre dans un laps de temps très court, sans avoir eu le temps de muter ou de changer de signature.

Cet article a été le premier à démontrer de manière formelle grâce au séquençage génomique, que le hantavirus des Andes est capable de se transmettre d’une personne à l’autre, et que les mesures de contrôle mises en œuvre permettent d’éliminer la transmission inter-humaine. Il a aussi suggéré que la transmission semble se produire au cours des premiers stades symptomatiques de l’infection et nécessite un contact étroit et relativement prolongé. Un article sorti la semaine dernière dans le célèbre new-england journal of medicine détaille comment l’épidémie qui s’est propagée via la croisière du MV Hondius (https://www.nejm.org/doi/full/10.1056/NEJMc2606496).

Conclusions 

Le diagnostic d’infection à hantavirus Andes doit être évoqué devant tout syndrome fébrile avec thrombopénie de retour d’une zone endémique ou après un contact avec un cas confirmé (1). Une thrombopénie précoce est un marqueur quasi constant et un facteur pronostique. Les examens paracliniques mettent en évidence une hémoconcentration, une protéinurie et la présence de blastes (>10 %) sur le frottis sanguin. La sérologie est l’examen de référence. La détection d’anticorps IgM spécifiques est possible dès l’apparition des signes cliniques. La détection de l’ARN viral dans le sérum ou le plasma lors de la phase précoce (virémie transitoire) est également possible par biologie moléculaire (RT-PCR).

Il n’existe actuellement aucun vaccin ni traitement antiviral spécifique approuvé , mais  le Favipiravir efficace chez l’animal va être prochainement expérimenté chez l’homme. La prise en charge est purement symptomatique et repose sur des soins de réanimation lourds (ventilation mécanique, oxygénation par membrane extracorporelle, dialyse) (1,4,7).

La prévention des cas zoonotiques repose essentiellement sur la lutte contre les réservoirs par la dératisation, le bouchage des points d’entrée des rongeurs, et stockage des aliments dans des récipients étanches. Pour les locaux fermés (caves, granges), il est impératif d’aérer largement, d’asperger d’eau ou de désinfectant avant de nettoyer (pour éviter l’aérosolisation) et de porter un masque FFP2 ainsi que des gants. La protection des plaies par des pansements étanches et lavage fréquent des mains permet aussi de réduire le risque de transmission (3,5,8).

En cas de foyer épidémique , le contact tracing et les mesures de contrôles sont donc primordiales (9,10), comme l’a démontré cet article historique et par l’évènement sur le MV Hondius et la réponse qui a été mise en place.

Références et liens utiles

1. Gourjault C, Matheus S, Le Turnier P, Palich R, Wallet F, Goehringer F, et al. Les Orthohantavirus du Nouveau Monde. Médecine et Maladies Infectieuses Formation. 1 déc 2023;2(4):192‑204. doi:10.1016/j.mmifmc.2023.09.004

2. Hantavirus – Spécifiques – Fiches et procédures – COREB Mission Nationale [Internet]. [cité 21 mai 2026]. Disponible sur: https://www.coreb.infectiologie.com/fr/hantavirus.html

3. Taylor SL, Schmaljohn CS, Williams EP, Jonsson CB. Pathogenicity and virulence of Rodent-Borne Orthohantaviruses. Virulence. 4 sept 2025;16(1):2553784. doi:10.1080/21505594.2025.2553784 PubMed PMID: 40878034.

4. Vial PA, Ferrés M, Vial C, Klingström J, Ahlm C, López R, et al. Hantavirus in humans: a review of clinical aspects and management. The Lancet Infectious Diseases. 1 sept 2023;23(9):e371‑82. doi:10.1016/S1473-3099(23)00128-7

5. Institut Pasteur [Internet]. 2016 [cité 21 mai 2026]. La maladie – Recommandations CNR Hantavirus. Disponible sur: https://www.pasteur.fr/fr/sante-publique/CNR/les-cnr/hantavirus/la-maladie-recommandations

6. Factsheet on orthohantavirus infections [Internet]. 2026 [cité 21 mai 2026]. Disponible sur: https://www.ecdc.europa.eu/en/infectious-disease-topics/hantavirus-infection/factsheet-orthohantavirus-infections

7. Martínez VP, Paola ND, Alonso DO, Pérez-Sautu U, Bellomo CM, Iglesias AA, et al. “Super-Spreaders” and Person-to-Person Transmission of Andes Virus in Argentina. New England Journal of Medicine. 2 déc 2020;383(23):2230‑41. doi:10.1056/NEJMoa2009040

8. La maladie | Santé publique France [Internet]. [cité 21 mai 2026]. Disponible sur: https://www.santepubliquefrance.fr/hantavirus/la-maladie

9. DICOM_Melanie.H, DICOM_Melanie.H. Ministère de la Santé, de la Famille, de l’Autonomie et des Personnes handicapées [Internet]. [cité 21 mai 2026]. Cas d’Hantavirus à bord du navire mv Hondius : point de situation des autorités sanitaires françaises. Disponible sur: https://sante.gouv.fr/actualites-presse/presse/communiques-de-presse/article/cas-d-hantavirus-a-bord-du-navire-mv-hondius-point-de-situation-des-autorites

10. European Centre for Disease Prevention and Control. Hantavirus-associated cluster of illness on a cruise ship [Internet]. SE: European Centre for Disease Prevention and Control; 2026 [cité 21 mai 2026]. Disponible sur: https://data.europa.eu/doi/10.2900/6502463 doi:10.2900/6502463

Utilisation de l’intelligence artificielle :
A partir des références disponibles ci-dessous l’outil Lm Notebook de Google a été utilisé pour créer les figures présentes dans cet article.