Section Biodiversité et Evolution – Ce qu’il ne fallait pas rater en janvier

Les nouveautés :

Ce mois, Nature Reviews Microbiology propose une excellente revue bibliographique sur les plasmides et leur importance comme catalyseurs de l’innovation de l’évolution bactérienne, et pas seulement des véhicules de transfert de gènes: https://www.nature.com/articles/s41579-020-00497-1

Le laboratoire de Jill Banfield vient de publier inStrain, (https://www.nature.com/articles/s41587-020-00797-0) un nouvel outil pour l’analyse génomique des populations à partir de données métagénomiques et la détection rigoureuse de souches microbiennes identiques. Les populations microbiennes présentent toujours un certain degré de diversité génétique (même au sein des cultures). InStrain établit le profil de la variation génétique des microbes à partir de la métagénomique, lit et génère des tableaux et des graphiques en prenant comme la seule entrée un fichier .bam. Cela inclut l’identification des substitutions à partir de la séquence de référence et des sites multi-alléliques, le calcul des liens entre les SNV sur les lectures appariées et le calcul de paramètres telles que l’identité des sequences et la diversité des nucléotides (pi). InStrain compare également les populations dans les données métagénomiques en comptant les substitutions complètes entre les populations, et non pas seulement en comparant les bases de consensus, ce qui rend l’outil beaucoup plus précis que d’autres méthodes basées sur le consensus.Voir (https://instrain.readthedocs.io/en/latest/) pour la documentation et le tutoriel et (https://github.com/MrOlm/instrain) pour le code source

A ne pas rater

Olaya RENDUELES GARCIA olaya.rendueles-garcia@pasteur.fr
Simonetta GRIBALDO simonetta.gribaldo@pasteur.fr