Section Biodiversité et Evolution – Ce qu’il ne fallait pas rater en janvier

Les nouveautés :

Ce mois, Nature Reviews Microbiology propose une excellente revue bibliographique sur les plasmides et leur importance comme catalyseurs de l’innovation de l’évolution bactérienne, et pas seulement des véhicules de transfert de gènes: https://www.nature.com/articles/s41579-020-00497-1

Le laboratoire de Jill Banfield vient de publier inStrain, (https://www.nature.com/articles/s41587-020-00797-0) un nouvel outil pour l’analyse génomique des populations à partir de données métagénomiques et la détection rigoureuse de souches microbiennes identiques. Les populations microbiennes présentent toujours un certain degré de diversité génétique (même au sein des cultures). InStrain établit le profil de la variation génétique des microbes à partir de la métagénomique, lit et génère des tableaux et des graphiques en prenant comme la seule entrée un fichier .bam. Cela inclut l’identification des substitutions à partir de la séquence de référence et des sites multi-alléliques, le calcul des liens entre les SNV sur les lectures appariées et le calcul de paramètres telles que l’identité des sequences et la diversité des nucléotides (pi). InStrain compare également les populations dans les données métagénomiques en comptant les substitutions complètes entre les populations, et non pas seulement en comparant les bases de consensus, ce qui rend l’outil beaucoup plus précis que d’autres méthodes basées sur le consensus.Voir (https://instrain.readthedocs.io/en/latest/) pour la documentation et le tutoriel et (https://github.com/MrOlm/instrain) pour le code source

Dans le dernier travail du laboratoire de David Bikard, mené par Francois Rousset, ils utilisent le criblage CRISPRi dans une collection d’isolats d’E. coli afin de mieux définir les gènes essentiels au niveau de l’espèce. Ils ont étudié 18 isolats  des origines different et de modes de vie variés dans 3 conditions de croissance. Ils trouvent de différences d’essentialité entre les souches, ce qui démontre que l’essentialité des gènes peut rapidement évoluer au niveau de la souche. Ils ont également effectué de la RNAseq, ce qui leur a permit de constater que les modifications au niveau d’expression des gènes  sont très bien corrélées avec la phylogénie. Ils ont ensuite étudié les mécanismes expliquant les variations d’essentialité et ont trouvé quelques cas où l’acquisition de genes homologues ou d’analogues sur un élément génétique mobile rend un gène non essentiel. Pour plus d’info, consultez le lien  https://rdcu.be/cdZeP

A ne pas rater

* Les programmes de plusieurs Gordon Conferences qui auront lieu en 2021 sont déjà disponibles, et les inscriptions sont ouvertes. Les places sont limitées et les participantes triés sur le volet.
1. Evolution and Ecology of Natural Microbial Communities (11-16 Juillet 2021): https://www.grc.org/microbial-population-biology-conference/2021/
2. Bacterial cell Biology and development (20-25 June 2021): https://www.grc.org/bacterial-cell-biology-and-development-conference/2021/
3. Microbial adhesion and signal transduction (18-23 Juillet 2021):  https://www.grc.org/microbial-adhesion-and-signal-transduction-conference/2021/
*Si vous travaillez sur des sujets en relation avec la capsule extracéllulaire, soit chez les bactéries, les levures ou les archaeas, la revue Microorganisms propose un numéro spéciale à ce sujet. Deadline: Mai 2021.https://www.mdpi.com/journal/microorganisms/special_issues/capsules

Olaya RENDUELES GARCIA olaya.rendueles-garcia@pasteur.fr
Simonetta GRIBALDO simonetta.gribaldo@pasteur.fr

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