Champignon du mois – Février 2021

Le genre Colletotrichum est l’un des groupes les plus importants dans le monde en ce qui concerne le nombre d’espèces phytopathogènes. De plus certaines espèces ont été décrites comme endophytes, saprophytes, entomopathogènes, et pathogènes humains (Talhinas et al. 2016).

Les Colletotrichum présentent peu de différences morphologiques et leur identification précise est souvent difficile et ambiguë. Depuis quelques années, elle est basée sur une approche polyphasique combinant l’utilisation de marqueurs génétiques et de caractères morphologiques, physiologiques et autres. Pour les Colletotrichum, le terme de complexe d’espèces est très largement utilisé pour regrouper le nombre considérable et croissant d’espèces décrites en groupe monophylétique. Actuellement près de 200 espèces sont validées et classées phylogénétiquement parmi 14 complexes d’espèces, chacun portant le nom de l’espèce la plus représentative du complexe, quelques dizaines espèces ne font actuellement partie d’aucun complexe (Damm et al. 2019). Une revue complète de la bibliographie est disponible dans le manuscrit de thèse de Guillaume Dubrulle (Dubrulle, G., 2019).

Colletotrichum lupini, qui appartient au complexe C. acutatum, est responsable de l’anthracnose du lupin, maladie considérée comme majeure pour cette culture (Figure 1). Sa gestion pourrait faciliter le développement de la culture du lupin dans les exploitations. La maladie peut se disséminer à partir des résidus contaminés de la culture précédente. Mais le principal mode de dissémination de la maladie s’effectue par la semaison de graines initialement infectées. La germination de telles graines entraîne le développement d’une plantule infectée dans laquelle le champignon va se développer, produire des lésions et des nécroses dans lesquelles des conidies (spores issues de la reproduction asexuée) seront produites et pourront infecter de nouvelles plantes. Les stades précoces du processus infectieux ont récemment été décrits par une approche de transcriptomique et de protéomique (Dubrulle et al., 2020a).

Les conidies sont produites dans des acervules, formés par un enchevêtrement de filaments mycéliens localisé dans le tissu végétal, sous l’épiderme. Au sein des acervules se différencient des conidiophores qui vont former un grand nombre de conidies. Sous la pression engendrée par la production des conidies, l’épiderme végétal cède ce qui permet leur libération. Pour C. lupini, les acervules matures visibles à la surface du végétal, apparaissent sous forme de masses orangées et gluantes (amas de conidies). La forme des conidies de C. lupini dont les thalles sur gélose Potatoe-Dextrose-Agar (PDA) sont illustrés par la figure 2, est caractéristique de celles du complexe C. acutatum, c’est-à-dire fusiforme avec une extrémité arrondie et l’autre légèrement pointue, et un aspect interne bi-gouttelé en microscopie optique (Figure 3). A notre connaissance, la forme sexuée de C. lupini n’a jamais été observée.

La classification de C. lupini a beaucoup évolué depuis la première description en 1912 sous le nom de Gloeosporium lupinus ; le nom C. lupini a été attribué en 2002 par Nirenberg et al.  Dans une étude récente conduite au LUBEM, tous les isolats issus du lupin en France ont été regroupés au sein d’un groupe indépendant spécifique au sein du complexe C. acutatum (Dubrulle et al., 2020b).

A ce jour, 34 espèces, dont C. lupini, ont été décrites dans le complexe d’espèces C. acutatum lequel regroupe des espèces phytopathogènes capables d’infecter de nombreux hôtes et provoquant notamment des symptômes de pourriture sur de nombreux fruits. Au sein de ce complexe, C. godetiae et C. fioriniae apparaissent comme deux espèces majeures responsables d’anthracnoses sur de nombreuses espèces fruitières dont le noyer (Masson et al., 2019).

Le complexe C. acutatum constitue un modèle intéressant pour comprendre comment évoluent les espèces phytopathogènes. Dans ce complexe, des espèces phylogénétiquement proches montrent en effet une grande diversité en termes de spécificité d’hôte, de gamme d’hôtes et de régime trophique (Baroncelli et al., 2017).

Pour plus d’informations, consulter :

1. Baroncelli R, Talhinhas P, Pensec F, Sukno SA, Le Floch G, Thon MR. The Colletotrichum acutatum species complex as a model system to study evolution and host specialization in plant pathogens Front Microbiol. 2017;8:2001
2. Damm, U, Sato T, Alizadeh A, Groenewald JZ, Crous PW. The Colletotrichum dracaenophilum, C. magnum and C. orchidearum species complexes. Stud Mycol. 2019;92:1-46.
3. Dubrulle G. Processus infectieux et diversité intra-spécifique de Colletotrichum lupini, agent responsable de l’anthracnose du lupin. Thèse de doctorat en Microbiologie, sous la direction de Gaétan Le Floch, soutenue le 14/11/2019 à Brest, dans le cadre de l’École doctorale Écologie Géosciences Agronomie Alimentation (Rennes), réalisée au Laboratoire Universitaire de Biodiversité et Ecologie Microbienne (UR3882). Prix de Thèse de la Société Française de Microbiologie 2020.
4. Dubrulle G, Picot A, Madec S, Corre E, Pawtowski A, Baroncelli R, Zivy M, Balliau T, Le Floch G, Pensec F. Deciphering the infectious process of Colletotrichum lupini in lupin through transcriptomic and proteomic analysis. Microorganisms. 2020a;8(10):1621.
5. Dubrulle G, Pensec F, Picot A, Rigalma K, Pawtowski A, Nicolleau S, Harzic N, Nodet P, Baroncelli R, Le Floch G. Phylogenetic diversity and effect of temperature on pathogenicity of Colletotrichum lupini. Plant Dis. 2020b;104(3):938-950.
6. Masson C, Verhaeghe A, Le Floch G, Nodet P, Hebrard MN. Colletotrichum en verger de noyers-Avancées des travaux sur ce pathogène complexe. Infos-Ctifl, Centre technique interprofessionnel des fruits et légumes, 2019;350:35-41.
7. Nirenberg HI, Feiler U, Hagedorn G. Description of Colletotrichum lupini comb. Nov. in modern terms. Mycologia, 2002;94(2):307-320.
8. Talhinhas P, Baroncelli R, Le Floch G. Anthracnose of lupins caused by Colletotrichum lupini: a recent disease and a successful worldwide pathogen. J Plant Pathol. 2016;98(1):5-14.

Gaëtan Le Floch et Patrice Nodet
(Laboratoire Universitaire de Biodiversité et d’Ecologie Microbienne – LUBEM, Equipe Ecosystèmes fongiques, Université de Bretagne Occidentale)

Voir le champignon de janvier 2021

Voir le champignon de mars 2021