Intérêt du séquençage haut-débit dans l’étude de la diffusion des bactéries multi-résistantes (BMR)

Charlotte COUCHOUD : ccouchoud@chu-besancon.fr

Co-direction : Didier Hocquet et Benoit Valot

Intérêt du séquençage haut-débit dans l’étude de la diffusion des bactéries multi-résistantes (BMR)

Pseudomonas aeruginosa est une bactérie pathogène opportuniste majeure de l’homme, retrouvée dans 5% des septicémies, pour lesquelles la mortalité atteint 30 à 35%. Sa présence dans le circuit d’eau d’un hôpital constitue un facteur de risque d’acquisition de la bactérie. Différentes études décrivent la contamination des patients à partir de points d’eau, mais peu d’études s’intéressent aux dynamiques de transfert en dehors des situations épidémiques.

L’objectif de ce travail de thèse est de déterminer la structure et la dynamique de population des isolats de Pseudomonas aeruginosa cliniques et environnementaux en réanimation médicale, pour identifier les voies de contamination des patients, mais également pour caractériser les échanges génétiques entre souches.

Le séquençage complet des génomes bactériens informera sur la phylogénie des populations, et la méthode cgMLST (core genome MultiLocus Sequence Typing) permettra d’associer à chaque souche un profil en fonction de l’allèle de chaque gène du core génome qui sera présent.

Identifier les réservoirs et les modes de transmission de Pseudomonas aeruginosa en réanimation médicale permettra de mettre en œuvre les mesures de protection adéquates pour limiter la contamination des patients, et ainsi réduire le risque infectieux lié à Pseudomonas aeruginosa.